Aligátorové nožnice využívajú hydraulický pohonný systém; jeho základný mechanizmus zahŕňa hydraulické čerpadlo generujúce tlak na uvedenie do činnosti hydraulického valca, čím sa vytvára šmyková sila založená na páke. Počas prevádzky pridržiavacie zariadenie najskôr zaisťuje kovový materiál na mieste; následne hlavný tlakový valec poháňa pohyblivú čepeľ (horná čepeľ) smerom k stacionárnej čepeli (spodná čepeľ), pričom oddeľuje kov obrovskou strihovou silou. Stroj je pomenovaný pre podobnosť jeho konštrukčného pôsobenia s otváraním a zatváraním čeľustí aligátora.
Aligátorové nožnice ponúkajú tri prevádzkové režimy: posuvný, poloautomatický a plne automatický. V krokovom režime musí byť tlačidlo strihania trvalo stlačené, aby stroj fungoval. V poloautomatickom režime sa jediným stlačením tlačidla spustí jeden úplný cyklus strihania. V plne automatickom režime stroj pracuje nepretržite bez potreby stlačenia tlačidla, pričom automaticky cyklicky prechádza sekvenciou upnutia (pridržiavacie zariadenie klesá), strihania (kotúč klesá), uvoľňovania (pridržiavacie zariadenie a zaťahovanie noža) a opätovného upnutia.
V porovnaní s mechanicky poháňanými nožnicami ponúkajú hydraulické systémy výhody ako kompaktné rozmery, nízka hmotnosť, nízka zotrvačnosť, nízka hlučnosť, hladký chod, jednoduché použitie a jednoduchá implementácia ochrany proti preťaženiu. Pokročilé modely obsahujú rýchločinné okruhy (napr. s použitím vysokorýchlostných ventilových potrubí) na zvýšenie rýchlosti strihu, čím sa rýchlosť strihu zvýši z 8 na 12 rezov za minútu bez zvýšenia výkonu motora alebo výtlaku čerpadla, čím sa zvýši produktivita. Hydraulické systémy zvyčajne využívajú kazetové ventily, ktoré ponúkajú výhody, ako je jednoduchá konštrukcia, odolnosť voči znečisteniu a rýchle časy odozvy.
Operátori musia zostať plne sústredení a držať svoje telo mimo pohyblivých častí zariadenia a reznej zóny, aby sa predišlo zraneniu spôsobenému spätným rázom materiálu alebo prasknutím. Príslušný prevádzkový režim by sa mal zvoliť na základe tvaru a stability materiálu a v rámci prevádzkového rozsahu stroja sa treba vyhnúť nebezpečným činnostiam, ako je vyberanie predmetov alebo vykonávanie úprav.